Nach den neuesten archäologischen Grabungen (1988/89) lässt sich feststellen, dass die einzige mittelalterliche und älteste evangelische Gemeindekirche in Frankfurt in drei Bauphasen entstand.
Anzunehmen ist, dass eine Kapelle mit fast quadratischem Grundriss bereits im 11./12. Jhdt. gebaut wurde.
Mitte des 13. Jhdts. wurde ein Turm angebaut, am Ende des Jahrhunderts u. a. der Chor und das Langhaus vergrößert. Die Entdeckung der Mauerreste weist wohl auf eine mögliche romanische Kapelle, die eventuell der eigentliche Gottesdienstort der staufischen Kaiserpfalz war.
Die Alte Nikolaikirche wurde ursprünglich als königliche Hofkirche errichtet, deren Kaplan vom König ernannt wurde.
Im 15. Jhdt. wurde sie Mittelpunkt der städtischen Almosenpflege. Seit dem 15. Jhdt. ist die Nikolaikirche als Ratskirche bekannt. Wo sich heute im Turm das Glockenspiel befindet, hielt sich nach der Mitte des 15. Jhdts. ein Wächter auf, dessen Aufgabe es war, die Schiffe“ anzublasen“.
In Folge der Reformation wurde die Kirche geschlossen und als Lagerhaus vermietet.
Bereits Anfang 1949 war sie nach Kriegszerstörungen wiederhergestellt und der evangelischen Paulsgemeinde übergeben.
1989-92 erfolgte eine umfassende Renovierung, während der u. a. ein Keller gegraben, ein beweglicher Altar und Lesepulte sowie eine neue Orgel gebaut wurden.